Berja tiene orígenes ibéricos y fenicios, aunque existen rastros dispersos de un posible asentamiento en la etapa del Bronce final. Más tarde fue la Vergis de la Bética romana. De este período sobresalen las ruinas de Villa Vieja: restos de un anfiteatro, único en la provincia y uno de los doce de la Bética. y de un acueducto, y pavimentos de mosaicos de igual factura que los encontrados en las ciudades de Pompeya y Herculano.
San Tesifón, patrón del pueblo, llegó a la zona en el siglo I, dando origen a la época paleocristiana de Berja. De entonces se conservan monedas, cruces y un sarcófago tardorromano realizado en marmol, que albergaba a un alto dignatario romano encontrado en la pedanía de Alcaudique, que fue cedido al Museo Arqueológico Nacional, existiendo una reproducción en el Museo de Almería y otra en el Museo de la Semana Santa y Religiosidad Popular de Berja.
Tras un terremoto en el siglo V, se crearon distintos núcleos, uno de los cuales, el de Berja, prevaleció y vino a dar nombre definitivo a la villa.
Tras ser conquistada Berja por los árabes, se convierte en la “Berchar” musulmana, siendo una de las 12 tahas en que se divide la Alpujarra. Estos construyeron una Alcazaba, aprovechando el antiguo recinto amurallado de los romanos, cuya vida se extiende entre los S. VIII y XIV, de la cual se conservan en la actualidad, parte de un lienzo de muralla, algunos torreones y tres aljibes medievales. También destacan los Baños de Benejí, en plena vega virgitana, que son, junto a los de Celín (Dalías), los únicos baños musulmanes que se conservan en toda la provincia de Almería.
Reconquistada por los cristianos en 1489, fue cedida por los Reyes Católicos al rey Boabdil, que la vendió junto a otras tierras, al rey Fernando de Aragón antes de marcharse al norte de África.
La rebelión de los moriscos en 1568, costó a la ciudad gran cantidad de vidas. Una vez sofocada la sublevación, Berja quedó casi despoblada, salvo algunos destacamentos militares, siendo repoblada por el comisario Gaspar de Ávila.
En 1588 llegaría una fecha de gran importancia histórica y devocional para la localidad y la comarca. En otoño de aquel año llegaron a Berja, sin que se conozca su lugar de procedencia, dos ermitaños, Domingo de San Juan y Juan de Santa María, quienes fundaron en el despoblado paraje de Pixnela el santuario de la que pronto sería patrona de Berja, la Virgen de Gádor.
Durante los años siguientes, Berja perteneció en el terreno administrativo a la alcaldía mayor de Ugíjar, hasta que por Real Orden de 29 de octubre de 1753 fue ascendida a alcaldía mayor, formando parte del partido de Las Alpujarras, en Granada. El 25 de agosto de 1804 otro terremoto destruyó gran parte de la ciudad.
En 1833, el motrileño afrancesado Javier de Burgos dividió España en provincias y a la comarca de Las Alpujarras en dos zonas: una que quedó en la provincia de Granada, y otra que pasó a formar parte de la moderna provincia de Almería, disputándose la ciudad de Berja el privilegio de ser capital de la provincia recién creada, junto a Baza y la propia Almería.
Finalmente, en la segunda mitad del siglo XIX cambia la fisonomía de la ciudad, y al amparo de la Revolución Industrial, comenzó de manera intensiva la explotación de las minas de plomo en la Sierra de Gádor, iniciándose una etapa de gran esplendor para Berja, que llegó a reunir en el año 1.893 a más de 20.000 mineros y 10.000 jornaleros, y que consiguió regular el precio del plomo mundial.
De esta floreciente etapa minera se observa un importante patrimonio industrial en la Sierra de Gádor, con numerosos vestigios como restos de pozos, fundiciones y galerías, además de las numerosas casas señoriales que se construyeron en esos años y que hoy forman su casco histórico y monumental.
Tras la decadencia de la minería, en el último tercio del siglo XIX, surgió una nueva fuente de riqueza que cambió la fisonomía de la vega virgitana, con la llegada de los parrales de la uva de mesa (la famosa uva “del barco”), que gracias a su resistencia, se exportaba al extranjero –almacenada en barriles- desde el puerto de Almería. Este fue el principal cultivo de la agricultura virgitana hasta los años ochenta del pasado siglo, cuando se abandonó para implantar los invernaderos, que hoy en día son el primer pilar económico del municipio.
En 1876 el rey Alfonso XII le otorgó el título de ciudad y años más tarde su hijo, el rey Alfonso XIII le concedió al municipio el título de ilustrísimo.
También cabe destacar la visita de los reyes Juan Carlos I y Doña Sofía en 1994, como reseña una placa colocada en la fachada del ayuntamiento.